分子杂交仪又称分子杂交炉、分子杂交箱，是采用核酸分子杂交技术检测待测基因组中是否含有已知基因序列的设备。广泛地使用于克隆基因的筛选、酶切图谱的制作、基因组中特定基因序列的检测和遗传病的基因诊断等方面。
核酸分子杂交技术根据碱基互补配对原则，在一定条件下用标记的已知DNA或RNA片段（探针）来检测样本中是否有待测的核酸序列 [1] 。
生理条件下DNA呈稳定的双链螺旋结构，在体外，当有变性因素存在时(如温度超过65℃、含胺或极端pH时)，DNA分子内部的氢键断裂，解离成两条单链DNA，这种现象称为变性。在除去变性因素后，单链DNA能通过碱基互补再结合成稳定的双链螺旋结构，此过程称为复性或退火。
在复性过程中，若存有与样本核酸某部分序列相同或高度同源的外源性单链DNA片段或寡核苷酸(一般为17～45个碱基)时，两者可通过互补碱基形成杂交体，即双链DNA分子，这一过程称为杂交。用一段已知的DNA片段加入复性的DNA中，若能够结合成双链分子，说明样本中含有已知的DNA序列。
核酸分子杂交不仅发生在DNA与DNA之间，也可发生在RNA与RNA、RNA与DNA之间。生成的杂交体分别为 DNA-DNA、 RNA-RNA或 RNA-DNA的双链结构。